Instytut Fizyki Jądrowej im. Henryka Niewodniczańskiego w Krakowie, inicjator i główny współorganizator obecnej, prezentowanej po raz pierwszy za granicą - w Polsce - wystawy DESY, współpracuje z tym ośrodkiem badawczym już ponad dwadzieścia lat. Zaczęło się to w 1975 roku od współpracy z DESY w eksperymencie analizującym oddziaływania protonów o energii 24 GeV w komorze pęcherzykowej wypełnionej wodorem, naświetlonej w synchrotronie protonowym w CERN. Następnie IFJ uczestniczył od 1978 r. w eksperymentach LENA i CRYSTAL BALL prowadzonych w DESY przy funkcjonującym tam pierścieniu akumulującym przeciwbieżne wiązki elektronów i pozytonów DORIS. 

Od 1979 roku fizycy z IFJ brali udział w pracach eksperymentów PLUTO, TASSO i JADE prowadzonych z użyciem akceleratora PETRA, zderzającego elektrony i pozytony przy większych energiach. Współuczestniczyli więc np. w odkryciu i badaniu własności cząstek składających się z par kwark-antykwark b-b i odkryciu gluonu. W 1984 roku IFJ wszedł jako pełnoprawny uczestnik do zatwierdzonego rok później eksperymentu ZEUS, a w 1986 roku do eksperymentu H1, przygotowywanych dla budowanej już HERY, jedynego w świecie akceleratora zderzającego przeciwbieżne wiązki elektronów i protonów.

IFJ uczestniczył również w budowie HERY oraz jej detektorów poprzez wysyłanie do DESY wysokiej klasy specjalistów i dostawy elementów składowych wielkich detektorów (np. trzykondygnacyjna konstrukcja stalowa mieszcząca elektronikę eksperymentu ZEUS, wykonana przez MOSTOSTAL Kraków). Dzięki temu, a także podobnej działalności ośrodka warszawskiego, polskie placówki naukowe są zwolnione z kosztów eksploatacji eksperymentów przy HERZE.

Pierwszy etap współpracy polegał na oddelegowaniu do DESY poszczególnych pracowników naukowych. Uzyskanie przez nich wysokiej oceny u niemieckich partnerów, umożliwiło utworzenie zespołów roboczych, do których pozyskano również pracowników AGH i UJ. Zespoły te pracowały też na miejscu w Krakowie, także dzięki materialnej pomocy DESY realizowanej poprzez dostarczanie sprzętu komputerowego i aparatury. I tak na przykład, zespół roboczy utworzony przez IFJ i AGH zaprojektował i wykonał, a obecnie rozwija i eksploatuje monitor świetlności dla detektora ZEUS. 

Obecnie IFJ uczestniczy w analizie danych z eksperymentów H1 i ZEUS oraz w eksperymentach z zastosowaniem promieniowania synchrotronowego w HASYLAB. Pracownicy IFJ, a także AGH i UJ wykonali w DESY szereg prac habilitacyjnych i doktorskich oraz, w ramach prowadzonej przez pracowników IFJ specjalizacji dla studentów AGH i UJ, kilkanaście prac magisterskich. Kilkudziesięciu studentów AGH i UJ wybranych przez IFJ odbyło w DESY praktyki wakacyjne.

To wszystko było możliwe dzięki ś.p. Profesorowi Marianowi Mięsowiczowi, twórcy krakowskiej szkoły fizyki wysokich energii, profesorowi AGH i IFJ, a absolwentowi i doktorowi h.c. UJ. Dzięki Jego pozycji w nauce światowej, umiejętności doboru utalentowanych uczniów i współpracowników i zdolności zarażania ich swoim entuzjazmem, krakowski ośrodek fizyki uzyskał światowe uznanie oraz podobnie jak przez DESY, zaproszony został do współpracy przez inne wielkie ośrodki badawcze w świecie.

Ś.p. prof. dr hab. Marian Mięsowicz 1907-1992. Twórca Krakowskiej Szkoły Fizyki Cząstek Elementarnych. Pierwszy Kierownik Zakładu Fizyki Wysokich Energii IFJ.